Es muy complejo y en primer término, puede esperarse que los sitios activos contengan grupos laterales ionizables, tales como —COOH libre, -NHZ libre, —SH, —OH. El grado de ionización de estos grupos, y por tanto la estructura y la reactividad de los sitios activos dependerá obviamente del pH.
De un modo similar, el propio sustrato suele contener grupos ionizables, y se ve por tanto afectado por el pH. En una segunda etapa, el pH podría tener una influencia importante en la estructura y reactividad del complejo enzima-sustrato, de los inhibidores o activadores presentes, etc.
Un pH muy alto o muy bajo causará por lo general un a desnaturalización irreversible de las enzimas. De hecho, la mayoría de las enzimas pierden su actividad luego de verse expuestas a valores de pH ya sea mucho más altos o mucho más bajos que los correspondientes a su intervalo óptimo. La estabilidad de las enzimas frente al pH varía con la temperatura, la concentración tónica y la pureza de la preparación de enzima.
La influencia del pH sobre la actividad enzimática se aprovecha a menudo en tecnología de alimentos para retardar reacciones enzimáticas perjudiciales o acelerar las deseables, por medio del control del pH del medio. Valores extremos de pH desnaturalizan irreversiblemente la proteína-enzima. Cambios menos drásticos del pH afectan reversiblemente (en forma temporal) la actividad de las enzimas.
Toda enzima tiene un valor de pH al cual muestra su máxima actividad: Este valor de pH se conoce como el pH óptimo para la enzima. Usualmente medimos la actividad enzimática en un medio amortiguador cuyo pH es igual al pH óptimo para la enzima.