El reclutamiento interno presenta algunas desventajas:
Exige que los empleados nuevos tengan condiciones de potencial de desarrollo para poder ascender, al menos, a. algunos niveles por encima del cargo donde están ingresando, y motivación suficiente para llegar allí; si la organización realmente no ofrece oportunidades de progreso en el momento adecuado, se corre el riesgo de frustrar a los empleados en su potencial y en sus ambiciones, causando diversas consecuencias, como apatía, desinterés, o el retiro de la organización con el propósito de aprovechar oportunidades fuera de ella.
Puede generar un conflicto de intereses, ya que al explicar las oportunidades de crecimiento dentro de la organización, tiende a crear una actitud negativa en los empleados que por no demostrar condiciones, no realizan esas oportunidades; cuando se trata de jefes que por largo tiempo no tienen ningún ascenso en la organización o que no tienen potencial de desarrollo para ascender más allá de su posición actual, éstos pueden pasar a tratar de ocupar los cargos subalternos con personal de potencial limitado, con el propósito de evitar nuevas oportunidades en el futuro o entonces pasar a sofocar el desempeño y las aspiraciones de los subordinados cuando notan que, en el futuro, podrían sobrepasarlos.
Cuando se administra de manera incorrecta, puede conducir a la situación que Laurence Peter denomina principio de Peter, las empresas, al promover incesantemente a sus empleados, los elevan siempre a la posición donde demuestran el máximo de su incompetencia; a medida que un empleado demuestra, en principio, competencia en algún cargo, la organización, para premiar su desempeño y aprovechar su capacidad, lo asciende sucesivamente hasta el cargo en que el empleado, por mostrarse incompetente, se estanca, una vez que la organización quizá no tenga cómo devolverlo a la posición anterior;
Cuando se efectúa continuamente, puede llevar a los empleados a una progresiva limitación de las políticas y directrices de la organización, ya que éstos, al convivir sólo con los problemas y con las situaciones de su organización, se adaptan a ellos y pierden la creatividad y la actitud de innovación; aunque la organización pueda desarrollar esfuerzos destinados a presentar soluciones importadas de otras empresas; el hecho es que las personas pasan a razonar casi exclusivamente dentro de los patrones de la cultura organizacional.
No puede hacerse en términos globales dentro de la organización; la idea de que cuando el presidente se ausenta, la organización puede admitir un aprendiz de escritorio y promover o ascender a todo el mundo, ya desapareció hace mucho tiempo y en este caso se presenta una gran descapitalización del patrimonio humano de la organización, por cuanto se pierde un presidente y se gana un aprendiz de escritorio novato e inexperto; para no perjudicar el patrimonio humano, el reclutamiento interno sólo puede efectuarse a medida que el candidato interno a una sustitución tenga efectivamente condiciones de (al menos) igualar a corto plazo al antiguo ocupante del cargo.