Después de la guerra el país estaba en crisis, lo que obligo a Juárez a suspender el pago de la deuda externa a los gobiernos de España, Francia e Inglaterra Éstos rompieron relaciones con México y querían cobrar la deuda administrativa las aduanas. Todo esto lo discutieron en la Convención de Londres.
Cuando llegaron las flotas militares de estos tres países a Veracruz, acordaron con el gobierno de Juárez, en el Tratado de la Soledad, no invadir a México y reconocer el gobierno de Juárez. Francia no respetó el tratado y decidió invadir México.
El 5 de mayo de 1862 los franceses fueron derrotados en Puebla; aun así, llegaron a la ciudad de México y Juárez salió hacia San Luis Potosí, donde estableció su gobierno.
El gobierno de México fue ofrecido por la junta de Notables a Fernando Maximiliano de Habsburgo, quien aceptó y llegó a Veracruz el 12 de junio de 1864. El ejército republicano derrotó a las fuerzas conservadoras y Miramón, Mejía y Maximiliano fueron fusilados en el cerro de las Campanas el 19 de junio de 1867.
Juárez restauró la república en julio de 1867. Durante el gobierno juarista se dieron revueltas agrarias, debido a que aún se seguía trabajando en las haciendas como en la época colonial, existían pocas vías de comunicación y las que había estaban en mal estado, pues el transporte tampoco se había modernizado.