Reciben el nombre según la naturaleza del grupo prostético que poseen:
Fosfoproteínas: Contienen ácido fosfórico unido a la cadena, por medio de uniones éster con los grupos hidroxilo de la serina y de la treonina. Ejemplos: las caseínas de la leche y las vitelinas de la yema de huevo.
Glucoproteínas y proteoglucanos: Contienen carbohidratos. Difieren según la longitud de la cadena del carbohidrato unida a la porción polipeptídica. Se hallan en abundancia en los tejidos conectivos. Su presencia en las secreciones mucosas les dio el nombre de mucoproteínas, nombre con el que inicialmente se designó a estos dos grupos.
Lipoproteínas: Son proteínas conjugadas con lípidos. Sin embargo , la naturaleza de la unión entre el lípido y la proteína en estas sustancias no siempre se conoce. Dado que a menudo el componente lipídico puede separarse mediante extracción con disolventes, la existencia de uniones covalentes entre ambas partes es discutible.
Cromoproteínas: Son proteínas en las que el grupo prostético es una metaloporfirina, tal como la clorofila o el hem (en la hemoglobina). El grupo incluye también a las enzimas peroxidasa, y catalasa, a los citocromos y la mioglobina del tejido muscular.
Nucleoproteínas: Son proteínas en las que el grupo prostético es un ácido nucleico que se haya en unión salina con la proteína.