Luego de desarrollar el programa de auditoría y recopilar evidencia de auditoría, el siguiente paso es evaluar la información recopilada con la finalidad de desarrollar una opinión.
Para esto generalmente se utiliza una matriz de control con la que se evaluará el nivel de los controles identificados, esta matriz tiene sobre el eje vertical los tipos de errores que pueden presentarse en el área y un eje horizontal los controles conocidos para detectar o corregir los errores, luego se establece un puntaje (puede ser de 1 a 10 ó 0 a 20, la idea es que cuantifique calidad) para cada correspondencia, una vez completada, la matriz muestra las áreas en que los controles no existen o son débiles, obviamente el auditor debe tener el suficiente criterio para juzgar cuando no lo hay si es necesario el control.
Por ejemplo: