Muchas proteasas son elaboradas por las células en una forma inactiva, denominada zimógeno o proenzima. Esta es la forma en que la naturaleza protege a la célula madre de la autodigestión o autólisis. Ejemplos de zimógenos o proenzimas son el pepsinógeno, tripsinógeno, quimotripsinógeno y protrombina.
El pepsinógeno es activado a pepsina por hidrogeniones y, más rápidamente, por la pepsina misma (autocatálisis). El tripsinógeno es activado a tripsina por una enzima, enterocinasa, y por la misma tripsina. El quimotripsinógeno es activado a quimotripsina por la tripsina.
La protrombina es activada a trombina por la acción combinada de iones de calcio, tromboplastina, acelerador del plasma y factores de las plaquetas. Si la trombina, en vez de ser elaborada por el hígado como protrombina inactiva, fuera secretada en la corriente sanguínea como trombina activa, causaría la muerte rápida del animal por coagulación intravascular.